163 papers
Systeembiologie kijkt niet naar losse onderdelen van het leven, maar naar hoe al die delen samenwerken als één groot, dynamisch geheel. In plaats van alleen genen of eiwitten te bestuderen, proberen onderzoekers in dit veld de complexe netwerken te begrijpen die cellen en organismen in stand houden. Het is de kunst om het grote plaatje te zien, waar duizenden interacties samenwerken om leven mogelijk te maken.
Op Gist.Science volgen we nauwgezet elke nieuwe preprint op bioRxiv binnen deze discipline. Wij verwerken elk onderzoek direct na publicatie en bieden zowel een toegankelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat zowel leken als experts de inzichten kunnen benutten. Hieronder vindt u de meest recente bijdragen aan dit snel evoluerende veld, direct van bioRxiv en nu voor u uitgelicht.
Deze studie introduceert een likelihood-vrije methode op basis van neurale posterior-schatting om parameters van spatiotemporale stochastische modellen voor celmigratie direct te infereren uit ruwe simulatiedata, waarmee de beperkingen van traditionele benaderingen zoals Approximate Bayesian Computation worden overwonnen.
Onderzoek met gebruikmaking van metabolische labeling bij muizen toont aan dat ouderdom gerelateerde nierfibrose voornamelijk wordt veroorzaakt door een verminderde afbraak van extracellulaire matrixcomponenten, wat leidt tot een sterk vertraagde vernieuwing van basale membranen en fibrillaire collagene, terwijl de structuur en interacties van deze eiwitten veranderen.
Deze studie toont aan dat zowel duur- als krachttraining de alternatieve splicing van RNA in menselijk spier-, vet- en bloedweefsel tijdsafhankelijk moduleren, waarbij deze veranderingen voornamelijk onafhankelijk zijn van genexpressie en een sleutelrol spelen in de moleculaire respons op beweging.
Dit artikel biedt een taxonomie en een vergelijkingskader voor bestaande hulpmiddelen die besturingsproblemen in Booleaanse netwerken oplossen, waardoor de oorzaken van inconsistenties worden onthuld en een nieuwe, betrouwbare methode wordt ontwikkeld om genetische mutaties te prioriteren die een gewenst celtype induceren.
Dit onderzoek toont aan dat bacteriën die uit een starre toestand worden gewekt, door hun eerdere stressgeschiedenis een tijdelijke tolerantie ontwikkelen die hen in staat stelt om β-lactam-antibiotica te overleven en de populatie snel te laten hergroeien, wat nieuwe inzichten biedt voor het optimaliseren van antibiotische doseringsstrategieën.
Dit artikel introduceert de Generalized Morphogenesis Theory, een flow-inertie model dat dynamische systemen over verschillende schalen verenigt door multiplicative groei en traagheid te koppelen, wat leidt tot universele ontwerppatronen en robuuste voorspellingen voor zowel organismen als moleculaire netwerken.
Deze studie toont aan dat vitamine D-suppletie, vooral in hoge doses, de door vapes veroorzaakte ontstekings- en stollingsstoornissen bij ratten kan verminderen en mogelijk de nicotineafhankelijkheid verlaagt.
Dit onderzoek ontwikkelt een robuust scoresysteem voor anti-methanogenese door de structurele en metabolische interacties tussen Ni(I)-remmers en cofactor F430 te karakteriseren, waardoor een rationeel ontwerpprotocol voor effectieve methaanreductie in herkauwers mogelijk wordt gemaakt.
Deze paper introduceert CellSwarm, een raamwerk waarbij door grote taalmodellen aangedreven autonome cellen het tumormicro-omgevingssimulatievermogen van hand-geschreven regels evenaren en uitbreiden met mogelijkheden tot kankeroverstijgende generalisatie, klinisch onderbouwde behandelingsvoorspelling en het waarnemen van indirecte genetische verstoringen.
Dit artikel introduceert de Web of Microbes Agent, een autonoom systeem dat een Bayesiaanse ranking-modellering combineert met een groeimodel en een groot taalmodel om bacteriële substraatvoorkeuren te voorspellen, nieuwe experimenten te ontwerpen en microbiële groei te sturen.